एक मात्र खिलाड़ी जिन्होंने तीन विश्वकप में कप्तानी की
अजहर की प्रतिभा का सबसे शक्तिशाली प्रमाण है उनकी कप्तानी क्योंकि वह एक मात्र ऐसे भारतीय कप्तान है जिन्होंने तीन विश्वकप में कप्तानी की है। अजहर ने एक बार कप्तानी के बारे में बात करते हुए कहा था कि- आपको इसके लिए लड़ना पड़ता है, तुम इसे ऐसे ही नहीं छोड़ सकते। सबसे पहले तुम्हें अपने सामने खुद को प्रमाणित करना होता है तब फिर तुम लोगों के सामने खुद को प्रमाणित कर सकोगे। 1992, 1996 और 1999 विश्वकप में भारतीय टीम की कमान अजहर के हाथों में ही थी। उनके बाद कपिल देव और श्रीनिवास वेंकटराघवन ही ऐसे कप्तान है जिन्होंने विश्वकप में भारत की कमान दो बार संभाली़। अपनी कप्तानी के दौरान अजहर ने 14 टेस्ट मैच और 103 एकदिवसीय मैचों में जीत हासिल की।